Występowanie wirusa HPV u mężczyzn rzadko prowadzi do poważnych problemów ze zdrowiem. Jeśli jednak dochodzi do upośledzenia układu immunologicznego i organizm mężczyzny nie jest w stanie samoistnie zwalczyć wirusa, mogą pojawiać się trudne do wyleczenia i niebezpieczne dla zdrowia powikłania, które ostatecznie prowadzą do pojawianie się brodawek narządów moczowo-płciowych, grudkowatości bowenoidalnej oraz choroby Bowena, a rzadziej do nowotworów prąci czy odbytu.